法令是颁布下去了，可是有部分大名已经皈依了天主教，与葡萄牙、西班牙商人交往很密切，并不愿意彻底执行，所以效果不是很明显。丰臣秀吉也不想因此和欧洲商人翻脸，故而没有深究。
就这么又过了十多年，在庆长元年底（1596年），一艘西班牙商船“圣菲利普号”因为台风迷航无意中漂泊到了四国岛的土佐，由于语言不通被当做来路不明的敌人扣押了起来。
丰臣秀吉听说之后，派手下得力大臣前去处理。在审问船员的过程中，船长可能是因为害怕或者被动了刑，把实话给说了出来，传教士的真实目的是蛊惑民众颠覆统治。
这下可把丰臣秀吉给吓坏了，他手下就有多位大名改信了天主教，比如率兵入侵朝鲜的小西行长。如果传教士们真的有一天想造反，自己保不齐就得被手下人先刺杀了。
上位者一旦感觉到有人威胁到了自身的安全，大多会采取宁可信其有不可信其无、错杀一千也不放过一个的态度。丰臣秀吉当然也不例外，马上就展开了对日本天主教徒的清洗。
先是在天主教最盛行的长崎烧死了26个传教士和信徒，然后又逼着信奉天主教的大名改信其它宗教。一下子把天主教的发展势头完全遏制住，除了九州岛之外教众数量锐减。
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